1980年生まれ。山梨県出身。
中学3年生時にカナダ選手権200m背泳ぎで、当時日本歴代2位となる日本中学新記録樹立。
インターハイでは、200m背泳ぎで3連覇を達成。
2000年シドニー五輪、200m背泳ぎ4位、200m個人メドレー8位入賞。
2002年日本選手権では、100m、200m自由形、200m背泳ぎ、200m個人メドレーで史上初の4冠達成。
「ハギトモ」の愛称で親しまれ、2004年現役引退。

5年の歳月を経て、2009年現役復帰宣言。30歳にして日本代表に返り咲く。
順調な仕上がりを見せていた矢先、五輪前年である2011年4月に、子宮内膜症・卵巣のう腫と診断され、手術。
手術後は精力的にリハビリに励み、レース復帰。

2013年日本水泳連盟理事に就任。
2014年日本知的障害者水泳連盟理事就任。
2015年東京2020オリンピック・パラリンピック競技大会組織委員会アスリート委員に就任。
2020東京オリンピック・パラリンピック競技大会では、競泳界史上初、両大会での解説を行い、初の女性解説者となる。

テレビ・ラジオ出演のほか、ライターとしても活動の幅を広げる。
一方で改めて、自身を育ててくれた「水」に感謝し、「水ケーション」と名付けた活動では、水泳を通じて水の大切さと感謝の思いを伝える活動にも取り組んでいる。
一般社団法人認定アクアソムリエの資格を取得。
萩原智子杯は、東日本大震災復興の為、そして障害者と健常者が一緒に参加できる大会として、全国で3大会開催。