1935年（昭和10年）4月17日　福岡市に生まれる。
北満 大分開拓団の小学校入学、中学・高校は大分県日田市に過ごす。
1954年（昭和29年）　東京大学入学、理学部生物学科を経て生物系大学院に進む。
1960年　学習研究社映画局入社。記録映画制作に従事する。
1968年　出版を機に学研退社、本格的な著作活動に入る。
「われら動物みな兄弟」で第16回エッセイストクラブ賞受賞。

1971年　北海道厚岸郡の無人島に熊や馬を連れて移住。
翌年、浜中町に移って「動物王国」を建国する。
その後、動物たちとの心温まる交流を描き続け、1977年 第25回菊池寛賞を受賞。
著書は『畑正憲作品集』『ムツゴロウの青春期』『ムツゴロウの動物交際術』など多数。

1986年　映画「子猫物語」を監督。
21年間続いたテレビ番組「ムツゴロウとゆかいな仲間たち」でも活躍。
2003年　訳書『輝ける日々』（ダニエル・スチィール）
2004年　画集『ムツゴロウとゆかいな動物たち』
2006年　『人という動物と分かりあう』
ムツゴロウの世界動物紀行『南米・モーリシャス篇』『アフリカ篇』『ニュージーランド・中国篇』『アラスカ篇』『シルクロード篇』『インド・トルコ篇』
2007年　『犬はどこから…そしてここへ』
年1回 銀座の画廊での個展も25回目となる。